create_generated_clock と derive_pll_clocks は、記述順番によって優先順位が変わります。

derive_pll_clocks が create_generated_clock より上部に記述されている場合、create_generated_clock の制約は Warning が出て無視されてしまいます。
create_generated_clock が derive_pll_clocks　より上部に記述されている場合、create_generated_clock が正常に認識されます。

クロックがどのようにされたかは、TimeQuest Timing Analyzer の “Report Clock” にて、どの制約が認識されているのかを必ずご確認下さい。