Derive Constraintsで自動生成されるSDCファイルとユーザーのタイミング制約は、別ファイルに分けていただくことをおすすめします。

NG例：自動生成された <プロジェクト名>_derived_constraints.sdcへ任意のタイミング制約を追記

デザインやIPの設定を変更。
変更後のデザインに合わせてDerive Constraintsを再実施。

<プロジェクト名>_derived_constraints.sdcへ追記していた記述は失われます。