Libero SoCでの対応は不要です。
I/O Editor上のDDRピンアサインは決め打ちになっておりお客様にてDQ bitを入れ替えいただくことはできません。

PolarFire Family Memory Controller User Guideにて
「Tip: DQ bit swapping within a byte lane is supported on the PCB between the Fabric DDR controller and DDR3, DDR3L, LPDDR3, and DDR4 memories for routing flexibility.」
と記載されています通り基板うえでハード的にビットスワッピングしてください。

PolarFire Family Memory Controller User GuideはDocumentationのUser Guidesタブ内にあります。
https://www.microchip.com/en-us/products/fpgas-and-plds/fpgas/polarfire-fpgas/polarfire-mid-range-fpgas#Documentation