はい、可能です。
SmartRF06EBK上のP409、またはP410のヘッダーから接続することで、SmartRF06EBKに実装されているJTAGエミュレータを使って、外部のターゲットデバイスへの書き込み・デバッグが可能です。

ターゲットデバイスとのコネクタについては評価キットに付属していないため、ご用意いただく必要がございます。デバッグ方法の詳細につきましては、下記をご参照ください。

SmartRF06 Evaluation Board (EVM) User's Guide
該当箇所：6 Debugging an External Target Using SmartRF06EB
URL：http://www.tij.co.jp/general/jp/docs/lit/getliterature.tsp?baseLiteratureNumber=swru321&fileType=pdf

※本回答はユーザーズガイドがRev.B時点の物です。
ユーザーズガイドが新しいRevisionに更新された場合、章や図番が変更される場合がございますのでご了承ください。