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Texas Instruments DS25CP114:LVDSポートの未使用ピンは、入力側、出力側ともOpenとして問題ないでしょうか。

インターフェース

SMBus Modeでお使いでしたら、SmartPWDNが機能しますので、OPEN処理頂いても問題ございません。

Pin Modeでご使用の場合は、上記が機能しませんので、LVDS入力のロジックを確定し、ノイズの影響を低減します。
3.3kΩにて、IN+をプルアップ、IN-をプルダウン処理してください。

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