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Silicon Labs:Si5338で I2C_LSBピンを使用する場合、GND直結、もしくはVCC直結で問題ないでしょうか?

いいえ、意図しない(不用意に)大きな電流がI2C_LSBピンに流れ込むことを防ぐため、10kΩ程度のプルアップ or プルダウン抵抗にてVCC or GNDに接続してください。

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