未使用ポートのみを認識させない方法はございません。
CP2108は4チャネル品ですので、OSに接続すると4つのCOMポートとして認識されます（仮想COMドライバ使用時）。3チャネルしか使用しないという場合もあるかと思いますが、（4つではなく） 3つのCOMポートとして認識させることはできません。
Silicon Labsのコミュニティサイトにも説明がありますので、併せてご確認ください。