Configuratorをご使用頂くのがもっとも簡単です。
ピン設定やペリフェラル設定を行った上でgenerate sourceを実行すると、初期化ルーチンが入ったプロジェクトが生成されます。Configuratorを使うと、設定ミスによる資源の競合をあらかじめ防ぐことができます。（参照：Configuratorを使うメリットを教えてください）
また、ピン設定やペリフェラル設定を行わずにgenerate sourceを実行すると、スケルトンのプロジェクトが生成されます。

Configuratorの使い方については、弊社で作成した「EFM32クイックスタートガイド」の「6-4ピン設定やペリフェラル設定をしてみる（Configurator）」をご参照ください。