メーカー推奨値は特にありません。
抵抗定数を大きくすれば、信号の波形のなまりの原因になりますし、定数を小さくすれば消費電流が大きくなります。一般的なプルアップ／プルダウンと考え方は同じです。
EFM32のGPIOは40kΩ程度のプルアップ／プルダウンを内蔵していますので、用途によっては外部プルアップ／プルダウンが不要な場合もあるかもしれません。

なお、外部プルアップを行った場合、プルアップ電圧の選択によってはEFM32に給電される前にIOピンに電圧が加わってしまう可能性があります。デバイスがダメージを受けてしまう可能性がありますので、別トピック（未給電時に、外部から信号を入れて大丈夫ですか？）も併せてご参照ください。