可能です。
スターターキット上の電流センサは、電源ラインVMCUの消費電流をモニタしていますが、このVMCUはヘッダピンから出ています。ユーザ基板への給電をこのVMCUから行うようにして頂ければ、Energy Profilerでの消費電流測定が可能になります。

詳しくは「EFM32クイックスタートガイド」の「6-7ユーザ基板の消費電流を測定する」をご参照ください。