Configuratorには、

• ペリフェラルの設定が容易に行える
• ピンやペリフェラルの誤設定（競合など）を未然に防ぐことができる

というメリットがあります。

EFM32では、限られたI/Oピンを効率的に利用できるように、内蔵ペリフェラルの入出力経路を複数のI/Oピンから選定できるようになっています。この自由度の高さはもちろんメリットではありますが、一方で誤設定によって意図しないピンの競合を起こしてしまう危険性があります。
またMCUの内部構成を十分理解せずに機能設定することは、同様に資源の競合を引き起こす危険性があります。例えば、“DAC”利用時に出力段として占有される“OPAMP”、“LESENSE”利用時に入力段として占有される“ACMP”などがそれに該当します。 

また、Configuratorで生成したプロジェクトは確実にコンパイルが通りますので、

• 安全なスケルトンを短時間で構築可能

という点においても、労力軽減に大きく寄与してくれます。