User Dataページは、Flash programmerのEraseコマンドやUnlock Debug Accessコマンドを使っても消去できません。しかし、0xFFで埋め尽くしたHexファイルをUDに上書きすれば消去することが可能です。Hexファイルにはアドレス情報が入りますので、UDのアドレス、UDのサイズに合わせたHexファイルをあらかじめ用意しておきます。
Flash Programmerを起動し、FileでHexファイルを選択して、Programでダウンロードしてください。

Simplicity IDEのMemoryウィンドウで、UDが消去（上書き）されたことが確認できます。

なお、UDのサイズはデバイスファミリごとに異なっています。このトピックに付属しているHexファイル（2KB_FF.hex）のサイズは2kBですので、UDが2kBであるEFM32LGとEFM32WGでご使用になれます。
UDのサイズはリファレンスマニュアル、および別トピックでご確認ください。

2KB_FF__1.zip