MCUにプログラミングする場合、通常はデバッグインタフェース（SW）経由で行いますが、USB/UARTブートローダを使うとUSBもしくはUART経由でのプログラミングが可能です。
USBが内蔵されたEFM32は、フラッシュメモリの先頭にUSB/UARTブートローダがプログラミングされた状態で出荷されます。このUSB/UARTブートローダは、USBもしくはUART経由で受け取ったデータを、フラッシュメモリに書き込むような作りになっています。つまり、PCからUSBもしくはUART経由でプログラミングが行えることになります。

通常は、ユーザコードはフラッシュメモリの先頭（0x0000番地）に配置しますが、ここにブートローダがありますので、Build時にリンカオプションでユーザコードの配置場所にオフセットを指定しなければなりません。詳しい手順はAN0042（USB/UART Bootloader）をご参照ください。
なお、フラッシュメモリにブートローダが配置されていますので、ユーザコードを配置できるサイズがその分小さくなっています。USB/UARTブートローダが不要でしたら、上書き、あるいは消去してください。