デバッグ時にコードをダウンロードするか、或いはリセットを実施すると、main()の最初までコードが進み、そこでbreakがかかります。

この機能を無効にしたい場合には、Debugアイコン（虫のアイコン）の右横の▼をクリック → Debug Configurations → Configurationの順に移動し、Run from resetのチェックを外してください。

再度ダウンロード、或いはリセットすると、コードの先頭でbreakがかかるようになります。

Silicon Labsのコミュニティサイトも併せてご確認ください。