次の手順でIncludesの追加・削除を行うことができます。
Project Explorerでプロジェクトを選択し右クリック　→Property　→　C/C++ General → Paths and Symbolsの順に移動してください。画面右のAdd,Edit, Deleteボタンから、追加・修正・削除が行えます。

作業が終わってOKを押せば、Project Explorer のIncludesが更新されます。