可能です。タイマ設定を変更することで、PWM（Pulse-Width Modulation）の周波数を変更することができます。ただし、1つのタイマで最大3チャネルのPWMを制御していますので、PWM周波数の変更も3チャネルセットでの変更になります。
また、周波数変更時にはPWMにグリッジが載る可能性があります。それを避けるため、周波数を変更する際にはTIMERn_TOPBを使用することをお勧めします。