コンパイルやデバッグを行う際には、Simplicity IDEが起動するように初期設定されていますが、それをIAR社Embedded Workbenchに変更することができます。
Setting（歯車のアイコン） → Simplicity Studio → Preferred IDE → IAR Embedded Workbench → Apply の順に設定してください。これでEmbedded Workbenchが起動するようになります。