”Open処理”が必要です。
基本的にDevice Migration のI/O数の差異は「NC」になりますのでOpen処理が必要です。
注意点としては「ピン・コンパチ」ではなく「Device Migration」である点となります。
ピン・コンパチでは電源やグランド端子も含め全ての端子が同一であるのが一般的ですが、Device Migration は異なりますので十分な検討比較が必要になります。

ピン配置の詳細は下記URL「Pinout / Packaging」の各パッケージのリンクよりExcelベースの表で比較検討を実施してください。

SmartFusion2
https://www.microsemi.com/product-directory/soc-fpgas/1692-smartfusion2#documentation

IGLOO2
https://www.microsemi.com/product-directory/fpgas/1688-igloo2#documentation

 また、あらかじめ規模の変更が予測される場合はLibero SoC のReserve Pins for Device Mirgration の設定を推奨します。
”Design Flow”タブ => ”Manage Constraints” =＞ ”Reserve Pins for Device Migration”をチェックし、”Target Devices:”より対象のデバイス規模を選択してください。
この選択により差分の端子に制限が付与され、規模の異なるデバイス同士をピン・コンパチとして扱うことが可能になります。