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ツール : Diamond
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.ngo ファイルを生成するためには、論理合成を実行する前に、I/O バッファーを挿入しないような設定をします。
具体的にはアクティブにしている Strategy をダブルクリックして開き次のようにします。

　　Synplify-Pro: "Disable IO Insertion" を True にします
　　LSE: "Use IO Insertion" を False にします

この設定を保存後、LSE では論理合成を実行すると ngo が生成されます。
Synplify-Pro の場合は Translate Design まで実行すると ngo が生成されます。