Nios II SBT の Nios II Application Properties 画面から User Flag を設定できません。
Nios II
ツール : Nios® II SBT
Quartus® II v14.1、またはそれ以前のバージョンに付属している Nios II SBT では、アプリケーション・プロジェクト(_bsp が付いていない)にて右クリック ⇒ Properties ⇒ Nios II Application Properties からコンパイル時に任意に指定可能な User Flag が設定できません。
回避策として、直接 Makefile を編集することで対応できます。
Nios II SBT のアプリケーション・プロジェクト(_bspが付いていない)内の Makefile を開き、以下の行に指定したいフラグを追加してください。
(編集前)
APP_CFLAGS_USER_FLAGS :=
(編集後)
APP_CFLAGS_USER_FLAGS := -mcustom-fwrx=0 -mcustom-fwry=1 -mcustom-frdxlo=2
Makefile をセーブすると、Nios II Application Properties に指定した値が設定されていることが確認できます。