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ARM コアから FPGA をコンフィギュレーションするには、MSEL を FPP16 / FPP32 に設定する必要がありますが、この時のピン処理方法を教えてください。
SoC FPGA
各デバイス毎に用意されているデバイス・ピン接続ガイドライン（Device Pin Connection Guidelines）のピン処理方法で構いません。
ARM コア側からデータを書き直すため、起動時にコンフィギュレーションが失敗していても問題になることはありません。
詳細は、デバイス・ピン接続ガイドラインをご参照ください。
https://www.altera.co.jp/support/literature/lit-dpcg.html
経験豊富なFAEが