Quartus II の Project メニュー ⇒ Clean Project はどのような機能でしょうか?
Clean Project を実行すると、プロジェクト内の以下のファイルが削除されます。
.*.rpt
.*.rpt.htm
.*.rpt.htm_files
.*.msf
.*.smsg
.*.summary
.jdi
.pin
.pof
.sof
.done
(all revision files in the db, incremental_db, and persona directories)
詳細は、下記 URL リンクのコマンドをご参照ください。
http://quartushelp.altera.com/13.0/mergedProjects/tafs/tafs/tcl_pkg_project_ver_6.0_cmd_project_clean.htm