Nios II Flash Programmer User Guide の B. Supported Flash Memory Devices の冒頭で記載されている "programming algorithm 1, 2, or 3" とは何を指しているのでしょうか?
Nios II
AMD スタイルや Intel スタイルの書き込み方式を表しています。
Nios II Command Shell を起動して nios2-flash-programmer --help とタイプするとヘルプ・メニューが現れますが、その中の最後の方に、次のような説明が確認できます。
The flash programmer supports all CFI flashes which use the AMD programming
algorithm (CFI algorithm 2) or the Intel algorithm (1 or 3).
Nios II Flash Programmer User Guide へのリンク
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/ug/ug_nios2_flash_programmer.pdf