アルテラ SoC の USB コントローラを使用する場合には、外部に PHY が必要でしょうか
SoC FPGA
はい、必要となります。
SoC デバイスが実装された Altera 開発キットの公開資料 (下記 URL) より、構成をご参照ください。
Cyclone V SoC 開発キット
https://www.altera.co.jp/products/boards_and_kits/dev-kits/altera/kit-cyclone-v-soc.html