nIO_PULLUP ピンは、電源投入後からコンフィギュレーションが開始される前、およびコンフィギュレーション中のユーザー I/O ピン （Dual-Purpose ピン含む） の状態を設定するピンですが、Stratix V デバイスはこの機能は使用できません。

ピン処理は GND に接続してください。

詳細につきましては、下記 URL リンクをご参照ください。
  https://www.altera.co.jp/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd08122013_422.html