EPCS に対し、jic ファイルを用いて書き込みする場合、Programmer のみの設定だけでは書き込みを行う事は出来ません。 下記 URL リンクに書き込み方法が公開されておりますのでご参照ください。
  https://www.altera.co.jp/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd10032011_932.html

弊社で検証を行ったところ、上記手順において、
 ・ Monitor the "Messages" window within Quartus II.  Once the EPCS device has been detected, the S8 button can be released.  Detection is reported as "Device 1 silicon ID is 0x18".
の動作にて、S8ボタンを離してしまいますと、書き込みは Successfull となりますが、コンフィギュレーションに失敗する現象が確認されました。

対策としましては、Successfull が表示されるまで、S8ボタンを押し続ける事でコンフィギュレーションが成功する事を確認しております。