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トランシーバ・シグナル・インテグリティ開発キット Stratix V GX エディション (DK-SI-5SGXEA7N) において、「キット・インストール」 のインストール・ディレクトリにある、ClockControl.exe を実行すると、エラーが発生し、クロック周波数が変更できません。

エラー・メッセージ
  Connecting to the target board...
  java.lang.Exception: Could not find device 0x020A40DD

ご使用の Quartus II のバージョンと、GUI のバージョンが異なっている事により、発生していると考えられます。

この問題に関しましては、下記 URL リンクのアルテラ KDB の
"How-To: Setting up the environment variable for the development kit GUIs"
をご確認しただき、記載されている環境変数に Quartus II バージョンを設定を行ってください。
  https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd01292013_416.html

設定すべき Quartus II バージョンは下記 URL リンクの表2にある 「キット・インストール」 に対応したバージョンとなります。
  https://www.altera.co.jp/products/boards_and_kits/dev-kits/altera/kit-transceiver-si-stratix-v.html



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