ユーザー・モードに移行後、EPCS デバイスに対するアクセスを行いたい場合、ALTASMI_PARALLEL (Active Serial Memeory Interface) をデザインに組み込んでいただく事で可能となります。

ALTASMI_PARALLEL は、MegaWizard Plug-In Manager を使用し、設計することが可能です。

詳細につきましては、下記 URL リンクのアプリケーションノート AN379 をご参照下さい。
  https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/an/an379.pdf
アプリケーション・ノートの中にも記載がございますが、コンフィギュレーション・データ領域に対するアクセスは非推奨となっておりますので、ご注意ください。