Quartus II Ver.12.0において、Nios II アプリケーション・プロパティ・ページの有効なコンフィギュレーションが選択されていないと、Nios II アプリケーション・プロパティ・ページで設定したセッティングを保存することができません。
また、Nios II アプリケーション・プロパティを編集した場合、有効なコンフィギュレーションが外れるかもしれません。

セッティングを編集する前に、手動で Nios II Application Properties ページ内の有効なコンフィギュレーションを選択してください。

詳細につきましては、下記 URL リンクをご参照ください。
  https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/fb31565.html