Arria V デバイスで LVDS 受信します。 並走クロックをクロック用入力ピンにアサインした場合、Input Termination を有効にする事はできますか？

はい、可能です。

Arria V デバイスでは、LVDS の並走クロック入力 （rx_inclock） に対して内部終端抵抗を有効にする事ができます。

LVDS_RX の内部終端を有効にする際は、Assignment Editor にて、"Input Termination ＝ Differential" と制約し、コンパイルして下さい。

コンパイル後は、コンパイル・レポートで、内部終端が有効になっている事を確認して下さい。