Arria II GX の PCI-Express ハード IP を使用し、1レーンの PCI-Express インタフェースを実装したいのですが、TX、RX ピンのアサインは、トランシーバ・ブロックの0チャネルにしかアサインできないのでしょうか？

はい、その通りです。

Arria II GX デバイスの場合、PCI-Express のハード IP は最大8レーンに対応しているため、トランシーバ・ブロックは、2つ （トランシーバ・ブロック1つあたり4レーン構成なので） が対応しています。
例えば、トランシーバ・ブロック0とトランシーバ・ブロック1が PCI-Express ハード IP に対応している場合、1レーンを実現する場合は、トランシーバ・ブロック0のチャネル0にのみアサインすることが可能です。 同様に、4レーンを実現する場合は、トランシーバ・ブロック0のチャネル0、1、2、3にアサインすることが可能です。 したがって、トランシーバ・ブロック1を使用する場合は、8レーンを構成する場合に限ります。

いずれにしても、PCI-Express のハード IP を構成する場合には、事前にサンプル・デザインなどを作成し、ピン配置の確認をすることをお勧めします。