PCI-Express のインタフェースを、アルテラ社の PCI-Expressハード IP 搭載デバイスで検討しています。 Qsys を使用した Avalon-MM での構築方法がアルテラ社の Web などで参照できますが、ホスト PC のアドレス空間と Qsys のアドレス空間が異なっているように思います。 ホスト PC から PCI-Express 経由で Qsys へのアクセス、または、その逆を行う場合の仕組みについて教えてください。

PCI-Express （PCホスト） 側と Qsys 側では、アドレス空間が独立しています。

下記 URL リンクの資料 P4-22の Figure 4-11が、PCI-Express のアドレス空間から Avaln-MM （Qsys） のアドレス空間への変換テーブルの図になります。
  https://www.altera.co.jp/ja_JP/pdfs/literature/ug/ug_pci_express.pdf

逆に、同資料の P4-24の Figure 4-12が Avalon-MM から PCI-Express のアドレス空間の変換テーブルの図となります。

ここに記載された仕組みがあるため、見かけ上異なるアドレス空間でのデータのやり取りがうまくできるようになっています。