一般的に CMOS 構造を持つ IC の入力専用ピンを Floating にした場合、中間電位が入力される可能性があります。これにより デバイス内に貫通電流が流れることも考えられ、消費電力の増大や動作に影響をおよぼす可能性があります。
そのため インテル FPGA では、各デバイスファミリーに応じた適切な接続を行ってください。

メーカー Web サイトの Knowledge Base にも、以下の情報が記載されています。
[Q] What might happen if an unused dedicated input or unused dedicated I/O pin on my Altera® device is left floating?

各デバイス向けのピン・コネクション・ガイドラインには、各ピンの未使用時のピン処理について掲載されていますので、参考にしてください
https://www.intel.com/content/www/us/en/support/programmable/support-resources/devices/lit-dp.html