Cyclone IV GX で、トランシーバの転送レートを 2.97Gbps 以上に設定すると、ref clk pin 用の GND ピンとして、I/O ピンが使用されます。 Pin Planner 上でも表示が変更されます。

パッケージ別に追加される GND ピンは予め決められており、アサインもツールが自動的に行われますが、そのピンに対するユーザ・ロジックの接続はできません。

詳細につきましては、下記 URL リンクの資料の10ページに記載がございますので、ご参照ください。
  https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/dp/cyclone-iv/pcg-01008.pdf