MMU は Memory Management Unit の略語で、仮想的にメモリ空間を拡張する機能になります。
Nios II の場合、MMU 対応の OS を使用しない場合は設定すると動作しません。

MPU は Memory Protection Unit の略語で、メモリに対する書込み保護機能等が必要なときに使用します。