Quartus II Programmer を使用した書き込み方法としては、2種類の方法がございます。

１： J16にヘッダピンを実装し、Quartus II Programmer モードを "Active Serial Programming" に設定し、
     pof ファイルを書き込む。

２： J4の USB ポートより、、Quartus II Programmer モードを "JTAG" に設定し、jic ファイルを書き込む。
     その際の手順を以下に示します。
      ・ sof  から Convert Programming files 機能を使用し、jic ファイルを作成
      ・ Quartus II Programmer を起動し、jic ファイルを登録
      ・ キットの PGM_SEL (S7) ボタンを2回押し、EPCS LED を点灯させる
      ・ Quartus II Programmer の start ボタンをクリックし、プログラミングを実行
      ・ プログラムが完了後、電源の OFF ⇒ ON を実行
      ・ PGM_LOAD (S8) を押し、EPCS よりコンフィギュレーションを実行

  書き込み方法につきましては、
<インストールディレクトリ>¥cycloneIVGX_4cgx150_fpga¥documents¥rm_civgx_fpga_dev_board.pdf 
の P2-15に記載がございますので、ご参照ください。
  なお、AS モードと FPP モードの切り替えは MAX II デバイスが制御しておりますので、MAX II の内部回路を確認したい場合、
<インストールディレクトリ>¥cycloneIVGX_4cgx150_fpga¥examples¥max2¥max2_c4gx.qar 
を参照ください。