Cyclone IV GX デバイスの refclk[0, 1] にクロックを割り当てる事ができません。
クロック/PLL
Cycloen IV GX デバイスの refclk[0, 1] と、refclk[4, 5] は、Left Side の PLL のみに接続可能となっております。 従いまして、このピンから FF をダイレクトでドライブしたり、組み合わせ回路に信号を入力する事はできません。
下記 URL リンクの資料、P.13 の Note (4) に説明が記載されていますのでご参照下さい。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/cyclone-iv/cyiv-51005.pdf