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INIT_DONE ピンは FPGA のイニシャライズ完了をモニタできるピンですが、I/O ピンとしても使用できるとも書かれています。 イニシャライズ完了までは INIT_DONE ピンとして機能し、その後は I/O ピンとして機能するのでしょうか？
INIT_DONE として使用する/しないは、Quartus Rrime / Quartus II の Device & Pin Options で設定し、コンパイルする必要があります。
使用する（Enable にチェックする）に設定すると、常に該当ピン（ピン固定）は INIT_DONE ピンとして機能します。
使用しない（Enable のチェックを外す）に設定すると、INIT_DONE としては機能せず、I/O ピンとなります。
よって、INIT_DONE は、Dual-Purpuse Pins のように、コンフィギュレーション後にユーザ・I/O として切り替える使用はできません。
経験豊富なFAEが