Quartus II Ver.11.0と Cyclone III の組み合わせにおいて、Shift Register (RAM-Based) を使用しますと、
Warning: Assertion warning: Device family Cyclone III does not have M4K blocks -- using available memory blocks
が発生します。

MegaWizard Plug-In Manager で Generate 時に生成される ***.vhd/v を編集する事で、回避できます。
　1. 生成された Shift Register.vhd/v デザインをエディタで開く。
　2. 『lpm_hint ⇒ "RAM_BLOCK_TYPE=M4K"』を探す。
　3. 『M4K』 から 『M9K』 へ編集してセーブする。
 　   編集後 ⇒ lpm_hint ⇒ "RAM_BLOCK_TYPE=M9K"
　4.コンパイルする。

なお、ver11.1では既に改善されています。