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Stratix III、Stratix IV デバイスにおいて、JTAG 信号のある BANK1A の VCCIO1A には 2.5V を供給します。 この時 JTAG ピンを 3.3V のインターフェースにしたいのですが可能ですか?

いいえ、直接接続はできません。

VCCIO1A が 2.5V の場合、VCCPD1A も同じ 2.5V にしなければなりません。

JTAG 信号は、VCCPD1A の電圧が基準となります。
このため、3.3V にしたい場合は、デバイス外部でレベル変換の IC を配置するなどの対処が必要です。

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