PCI Express Hard IP は、物理層以外にも対応していますか？

はい、対応しています。

PCI Express Hard IP は、下記の3つの層をサポートします。
  ・ トランザクション層
  ・ データリンク層
  ・ 物理層

BIOS や OS、アプリケーション、ドライバ等のソフトウェア層は、PCI Express Hard IP ではサポートされておりませんのでご注意ください。