nCEO ピンは I/O として使用可能です。 但し、Quartus II のバージョンによっては、Default 設定で
"Use as Programming Pin" に設定されておりますので、この設定を "Use as regular I/O" に設定する必要があります。

下記の方法で I/O を設定し、再度コンパイルを行い、配置できるかを確認してください。
  ・ Quartus II の TOP 画面より Assignments ⇒ Device ⇒ Device and PinOptions を選択
  ・ Dual-Purpose Pin 項目を選択
  ・ nCEO の Value 欄を Use as regular I/O に変更し OK

※ nCEO ピンが専用ピンとなっているデバイス・ファミリ （例：Stratix III、Stratix IV 等） がございます。
    その場合、上記設定項目がございませんのでご注意下さい。