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Weak Pull-up Resister を有効にするには、どの様に設定するのでしょうか?

設定方法を以下に示します。

Assignments Menu ⇒ Assignment Editor にて
   From : 空欄
   To : 対象の I/O ピン
   Assignment Name : Weak Pull-Up Resistor
   Value : ON
で設定できます。

設定後にコンパイルを実行して、コンパイルレポート (Fitter ⇒ Resource Section ⇒ Input Pins or Output Pins) にて Weak Pull-Up が ON になっていることをご確認ください。

※ 資料  『Quartus II はじめてガイド - よく使用するロジック・オプション設定方法(個別設定)』 にも記載がありますので、ご参照ください。

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