Cyclone IV GX の コンフィギュレーション時間 を PCIe (PCI-Express) の Wake-Up を考慮して 100ms 以内に完了させるにはどうすれば良いでしょうか?
下記 URL リンクの資料 P.10 に記載されているように、PS (Passive Serial) もしくは、FPP (Fast Passive Parallel) Mode での コンフィギュレーション・モード をご検討下さい。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/cyclone-iv/cyiv-51001.pdf