SRIO の IP コアを使用したファイルをコンパイルすると Critical Warning が発生してしまいます。 IP コアの中に対しての Warning になりますので処理方法がわかりません。
IP
同じソースから SRIO コアの Reference Clock と System Clock を駆動する際、このメッセージが出力されますが無視する事ができます。
アルテラの下記 URL に情報がありますのでご確認下さい。
https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd07132010_207.html