Arria II GX のトランシーバ・ブロックを使用しています。 動的に転送レートを変更したいのですが可能でしょうか？

可能です。

ALTGX_RECONFIG を使用することで FPGA のリコンフィグをせずにトランシーバ・ブロックの各種機能を変更できます。

転送レートを変更する場合には、それぞれの転送レートの設定を MIF ファイル形式で生成して、それをFPGA内部RAMの初期値として保存しておき、例えば RAM1が1.25Gbps、RAM2が2.5Gbps、RAM3が3.125Gbps のようなイメージで FPG A内部 RAM （実際には ROM として機能することになります） に保存しておき、それをユーザロジックで切り替えて動的にリコンフィグする方法を推奨します。

Quartus II のオプション設定でトランシーバ・ブロックの内部設定レジスタの情報を MIF ファイルに自動生成してくれる機能があるので、それを利用すると簡単に実現できます。

詳細につきましては、下記 URL リンクの資料に記載がございますので参照ください。
   https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/an/an558.pdf