CONF_DONE ピンはユーザ・モード (INIT_DONE が High 後) 中であれば、問題はありません。
コンフィギュレーション中 (INIT_DONE が Low の間) に 外部から Low にするのは、問題が発生する危険がございますので、ご注意ください。 (Low にするタイミングによります)