はい、可能です。

Quartus II に SDC ファイルを登録することにより、TimeQuest Timing Analyzer は自動で SDC ファイルを取り込みます。

以下に、登録方法と確認方法を示します。

登録方法
  Assignments => Settings を選択
  画面左の Category 欄から TimeQuest Timing Analyzer を選択
  画面右の "File name" のブロウズボタンから該当の SDC を選択して ADD をクリック
    （複数ある場合は、繰り返し登録）
  Apply をクリック後、OK をクリックし、Setting 画面を閉じます。

確認方法
  Quartus II にて Analysis & Synthesis を実行
  TimeQuest 起動し、Create Timing Netlist を実行
  Update Timing Netlist を実行後、画面左上の SDC File List に設定した複数の SDC ファイルを確認で
 きます。