FPGA がユーザ・モードの状態で nCE ピンが High になった場合、ユーザ・モードは維持されるのでしょうか?
コンフィギュレーション・データは保持され、ユーザ・モードとして動作し続けます。
コンフィギュレーション中、イニシャライゼーション中は、High にトグルしないようにしてください。
詳細につきましては、下記 URL をご参照ください。
https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd01102011_672.html
https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd02062001_4798.html