Quartus II の設定で Time Group の設定がありますが、これを SDC フォーマットに利用する事は可能ですか?

はい、可能です。Time Group の設定は [Assignments ] => [ Assignments (Time) Groups ] でグループにしたいノードを選択できます。

作成した Time Group のグループを sdc 上で以下のように宣言すると、ピンなどに制約がかけられます。
 set_input_delay -clock { } [get_assignment_groups -ports ]

ここで は qsf 上で
  set_global_assignment -name ASSIGNMENT_GROUP_MEMBER -section_id
と設定されているとします。 この時 get_assignment_groups のオプションで
  -ports
を付加する事によりピンの制約をかける事が出来ます。